Die Ausdrücke Mikrobiom und Mikroflora (griechisch μικρός mikrós ‚klein‘, griechisch βίος bios ‚Leben‘) bezeichnen im weitesten Sinne die Gesamtheit aller Mikroorganismen eines Habitats, welches wohlgemerkt sehr unterschiedlicher Größe sein mag. So kann z. B. die Erde als Ganzes als Habitat aufgefasst werden, wobei das Mikrobiom der Erde in dieser Systematik alle Mikroorganismen umfasst, welche die Erdkruste, die Gewässer und die Erdatmosphäre besiedeln. Mikrobiota ist der Begriff, der die Mikroorganismen einer Gesamtheit bezeichnet.[1]
Häufig wird mit Mikrobiom die Gesamtheit aller Mikroorganismen bezeichnet, die ein vielzelliges Lebewesen natürlicherweise (d. h. ohne Auslösung von Krankheitssymptomen) besiedeln.[2] Es werden auch spezielle Teil-Mikrobiome des Körpers eines solchen Lebewesens (also von bestimmten Körperteilen oder -bereichen) mithilfe der Bezeichnungen „Mikrobiom“ und „Mikrobiota“ beschrieben. Sie werden speziell erforscht, so auch die Wechselwirkungen zwischen diesen Teil-Mikrobiomen eines solchen Lebewesens wie auch zwischen den (Teil-)Mikrobiomen verschiedener solcher Lebewesen (also z. B. zwischen den Mikrobiomen der Münder zweier Kusspartner[3]), etwa im Rahmen der Immunologie.
Mikrobiome von Lebewesen setzen sich aus Bakterien (Bakteriom), Viren (Virom), Pilzen (Mykobiom) und Parasiten (Parasitom) zusammen.